El SEQUA té la missió de contribuir a facilitar el camí de la UIB cap a l'excel·lència i, de forma específica, a la millora contínua de la docència i la seva plena adaptació a l'EEES, proporcionant als diferents grups d'interès l'assessorament, la formació, les dades, els indicadors, els informes i les eines més adients.

A més, dóna suport tècnic als títols oficials quant al disseny, la implantació, l'avaluació, el seguiment, la modificació i l'acreditació.